De acordo com a tabela oficial da Copa São Paulo de Futebol Júnior de 2009, o Cene está no grupo A, ao lado de Santos, América (SP) e União Rondonópolis (MT).

O time de MS enfrentará na primeira fase o time do Santos, no dia 04 de janeiro. Em seguida é a vez do América (SP), dia 07/01, e o União Rondonópolis (MT) em 11/01. Os jogos serão todos em São José do Rio Preto. O anúncio foi na último dia 20 de novembro.