A Confederação Brasileira de Futebol (CBF) teve que fazer ajustes na tabela básica da Copa Verde 2025, atingindo diretamente o Operário, representante de Mato Grosso do Sul. A necessidade ocorreu devido às desistências de Cuiabá-MT e Atlético Goianiense da competição regional, que reúne clubes do Centro-Oeste, Norte e do Espírito Santo. A decisão aconteceu após a entidade confirmar que os campeões das copas Verde e Nordeste não garantem mais vaga na terceira fase da Copa do Brasil.

Com as desistências, mudou a disposição dos clubes participantes, de acordo com a posição no Ranking Nacional de Clubes (RNC). Na tabela inicial, o Operário enfrentaria na primeira fase o Ceilândia-DF, fora de casa, em jogo único. Agora, o Galo encara o Luverdense-MT, em Campo Grande, já que o time mato-grossense, que herdou a vaga do Cuiabá, está na 212ª posição, enquanto o Alvinegro é 114º colocado. A partida deve acontecer no dia 22 de janeiro, no Estádio Jacques da Luz.

Para os confrontos da segunda fase também tem alterações. Antes, na possibilidade de classificação, o Operário enfrentaria o Atlético Goianiense. Agora, se avançar, o Galo joga contra o Vila Nova-GO, em Goiânia, também em jogo único, dia 5 de fevereiro.

A partir da terceira fase, quando se iniciam as quartas de final, os duelos serão disputados em partidas de ida e volta.

Atual campeão, o Paysandu-PA é a equipe mais vitoriosa da Copa Verde, com quatro títulos, e também é o recordista em finais, disputando oito decisões em 11 edições realizadas do torneio regional.